CY系列：

菁染料是性能优良的染料，摩尔吸光系数在荧光染料中是最高的，其琥珀酰亚胺酯是最常用的脂肪氨基标记试剂，广泛用于蛋白、抗体、核酸及其他生物分子的标记和检测。通过改变次甲基链的长度, 可改变其荧光发射波长，每增加一个双键，按照Huoffman 规则正好红移约100nm。

菁染料Cy3 和Cy5 已成为基因芯片的常用物; 另外,Cy5, Cy5.5 和Cy7 的吸收在近红外区背景非常低，是荧光强度最高、最稳定的长波长染料。特别适合于活体小动物体内成像代替放射性元素。