5-Nitroindole Amidite，5-硝基吲哚酰胺衍生物的反应机制

5-Nitroindole Amidite（中文名称：5-硝基吲哚酰胺衍生物）是一种功能化核苷酸中间体，用于寡核苷酸的合成与修饰。其核心由 5-硝基吲哚基结构组成，通过磷酰胺官能团（2-氰乙基二异丙基磷酰胺）末端活化，可在固相寡核苷酸合成中与核苷羟基高效偶联，引入非天然碱基功能，实现分子示踪、荧光探针和功能性核酸修饰。5-硝基吲哚作为“通用碱基”可以与天然核苷形成稳定碱基堆积，且在化学修饰实验中表现出独特的电子特性和反应活性。

二、反应机制

5-Nitroindole Amidite 的核心化学反应机制涉及磷酰化偶联及核酸链延伸反应，其反应原理与常规核苷磷酰胺合成类似，但结合了吲哚环的电子效应和硝基的活化作用，使其在寡核苷酸修饰中具有特殊优势。

1. 磷酰化偶联反应
   5-Nitroindole Amidite 的末端含有 2-氰乙基二异丙基磷酰胺活性基团，可与寡核苷酸链末端的 5’-羟基发生亲核取代反应。反应机理为：

• 核苷羟基作为亲核试剂攻击磷酰胺碳原子，形成四面体中间体。

• 中间体发生脱离反应，二异丙基氨基离去，生成稳定的磷酰胺键，将 5-硝基吲哚碱基成功连接到核酸链上。
  该磷酰化过程通常在干燥有机溶剂（如二氯甲烷或 DMF）中进行，碱性助剂（如 DIPEA）用于捕获生成的盐酸，推动反应向目标产物方向进行。

2. 吲哚环电子效应
   5-硝基吲哚环上的硝基为强吸电子基团，使吲哚环电子密度降低，从而提高其对磷酰胺偶联反应的选择性和稳定性。在寡核苷酸链中，硝基吲哚的电子特性可减少碱基间非特异性堆积，提高修饰效率。同时，该结构在水相中具有适度极性，增强了溶解性和反应可控性。

3. 固相寡核苷酸延伸机制
   将 5-Nitroindole Amidite 引入固相合成体系时，反应遵循标准的固相寡核苷酸延伸机理：

• 支撑载体上的寡核苷酸链末端羟基首先与 Amidite 反应形成磷酰胺中间体。

• 使用氧化剂（如 I₂）将磷酰胺中间体氧化为稳定的磷酸二酯连接键。

• 在去保护和洗脱步骤后，5-硝基吲哚成功整合到核酸链中。
  这一机制确保了 5-硝基吲哚碱基在核酸链中以稳定、可控方式存在，同时保持核酸的双螺旋兼容性。

4. 后续功能修饰反应
   引入 5-硝基吲哚后，吲哚环上的硝基可以参与进一步化学修饰，例如还原为氨基以生成衍生碱基，或参与偶联。其反应性和电子结构可通过环境 pH、溶剂及催化剂调控，实现多功能修饰，为核酸探针、药物递送或分子示踪提供多样化工具。

5. 反应条件优化
   5-Nitroindole Amidite 在固相反应中对水分和强酸敏感，反应需在干燥条件下进行，温和控制温度（0–25°C）可提高偶联效率。反应时间和溶剂选择直接影响磷酰化产率和副产物生成，通过优化反应条件可获得高纯度、功能完整的修饰寡核苷酸。

瑞禧生物供应磷脂、高分子聚乙二醇衍生物、磁性纳米颗粒、纳米金、近红外荧光染料、荧光量子点、碳纳米管、石墨烯及多种功能高分子材料。如有需求可咨询

产品名称：5-Nitroindole Amidite

纯度：95%+

规格：mg/g

用途：科研

厂家：瑞禧生物

产品目录

DBCO-PEG-Maleimide

AF488-α-Bungarotoxin

mPEG-Mal

神奇的mPEG-多巴胺

Thiol-PEG₄-methyl

仅用于科研，不能用于人体。小编axc