CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺 的生物相容性

CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺的中文名称通常为CAL Fluor 橙色 560 C6 修饰脱氧胸苷亚磷酰胺化物，也可简写为CAL Fluor Orange 560-C6-dT Amidite。其中，CAL Fluor Orange 560 是一种橙色荧光染料，激发波长约为 560 nm，发射波长约为 580 nm，具有高量子产率、良好光稳定性和低背景自荧光特性；C6 表示通过六碳柔性链（–CH₂–）将染料与核苷酸 5’-末端连接，提供空间隔离，减少对 DNA 双螺旋结构的干扰；dT 表示修饰的核苷为脱氧胸苷（deoxythymidine）；Amidite 表示该化合物含有活性 P(III) 磷酰胺基团，可用于固相 DNA 合成，将荧光染料功能化整合到寡核苷酸链中。

二、化学描述
CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺是一种功能化核苷酸单体，设计用于在寡核苷酸合成过程中引入。其核心结构包括三个关键部分：

1. 荧光染料基团（CAL Fluor Orange 560）
   橙色荧光染料具有扩展 π 共轭体系，可在 560 nm 激发波长下吸收光能，并在 580 nm 波长发射荧光信号。染料分子通常含有亲水磺酸盐基团，提高水溶性和生物相容性。

2. 柔性连接臂（C6 链）
   六碳链将染料与脱氧胸苷的 5’-羟基隔开，减少 steric hindrance（空间阻碍）对 DNA 双螺旋结构的影响，同时保证荧光信号强度和稳定性。柔性链还允许染料在双螺旋外自由旋转，提高荧光量子产率。

3. 磷酰胺活性中心（Amidite）
   磷酰胺基团可与固相 DNA 合成中上一核苷酸链的 5’-羟基发生亲核加成，生成磷酸三酯中间体，再经氧化生成稳定的磷酸二酯键，实现染料在寡核苷酸链的共价整合。

此外，5’-端 DMT 保护基（Dimethoxytrityl）保护羟基在合成中免受非特异性反应，磷酰胺上的 CE（2-氰乙基）保护基提高中间体稳定性。

三、生物相容性

1. 水溶性与环境兼容性
   CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺含有亲水性磺酸盐基团及柔性 C6 链，使其在水溶液和缓冲体系中具有良好溶解性。该特性保证了在细胞内实验、或分子探针应用中可均匀分布，减少非特异性吸附。

2. 低毒性与安全性
   该化合物在核酸标记和探针构建中无需使用有毒催化剂，对核酸结构无明显破坏，保留了寡核苷酸的生物功能和双螺旋稳定性，适合用于生物实验体系。

3. 荧光稳定性与成像兼容性
   CAL Fluor Orange 560 的光稳定性优异，可耐受显微镜光照和荧光激发，保证长时间成像实验的信号持续性。其橙色荧光与绿色（FAM）和红色（Cy5）通道兼容，可进行多通道共定位实验。

4. 固相合成适用性
   亚磷酰胺结构保证其在固相 DNA 合成中高效整合，同时在合成后去保护和纯化过程中保持荧光活性。其柔性链和保护基设计减少对寡核苷酸结构的干扰，使标记核酸在体外及体内实验中保持生物功能。

四、应用前景
CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺广泛应用于荧光探针、FRET 系统、实时 PCR 探针、分子成像以及多通道荧光分析实验。其良好的生物相容性和化学稳定性使其成为核酸功能化和分子检测实验中可靠的工具。

五、总结
CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺（CAL Fluor 橙色 560 C6 修饰脱氧胸苷亚磷酰胺化物）是一种结合橙色荧光染料、C6 柔性连接臂和磷酰胺活性中心的功能化核苷酸单体。其特点包括良好的水溶性、生物相容性、化学稳定性和光稳定性，可在固相 DNA 合成中高效整合，用于制备高灵敏度寡核苷酸、分子探针及多通道成像实验。

产品名称：CAL Fluor Orange 560 C6 dT 亚磷酰胺

纯度：95%+

性状：固体或液体

储藏条件：-20°C干燥避光保存

包装规格：50mg  100mg  250mg  500mg（按需提供）

厂家：齐岳生物

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齐岳生物供应近红外荧光花菁染料标记各种官能团的定制服务，如活性酯（NHS酯）、马来酰亚胺（MAL）、叠氮（N₃）、炔基（alkyne）等，便于与蛋白质、肽、多糖、抗体、寡核苷酸、纳米颗粒等共价偶联。可选择多种功能团与目标分子进行精准结合，实现对蛋白质、多肽、抗体、核酸或纳米材料的荧光修饰。此外，齐岳生物还提供定制染料标记服务，包括肽类、蛋白类、小分子、糖类等不同类型标的物，满足用户在科研、成像等多方面的个性化应用。

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